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但是，奥米茄-3脂肪酸极易氧化，常温条件下几个小时内就会被分解，从而失去其特殊的功效。鱼肉当然也是如此，但如果鱼肉变质的话是会发出臭味的，我们很容易就能闻到，然后就不会再去吃它了。鱼油生产商为了增加利润，会用除味剂来消除其臭味，消费者闻不到，还以为自己吃下去的是好东西呢。
事实上，这就是保健品和药品最大的不同。制药厂对药品生产过程的监管要比保健品严格得多，其有效成分的含量不能多也不能少，杂质也会被严格控制在一定的水平之下。但保健品的生产就没那么严格了，因此同样都是奥米茄-3脂肪酸，作为药物使用的应该都是很可靠的，但作为鱼油销售的则不一定，不同品牌的鱼油其有效成分可能会差出好几倍，其功效自然也就很不稳定了。
所以，不少科学家建议还是吃鱼比较好，只要别过量，就可以避免吃到变质的鱼油，同时又不会被其中含有的微量重金属所伤害。
另外，吃鱼还可以减少其他不健康肉类的消耗，这是保健品所不具备的好处。众所周知，一个人如果晚餐吃了鱼，通常就不会再点一块牛排了。但如果一个人每天都吃一粒鱼油，那他很可能会觉得自己已经补足了奥米茄-3脂肪酸，于是便可以放心大胆地吃牛排或者红烧肉了。但他不知道的是，陆地动物脂肪中含有的大量奥米茄-6脂肪酸和奥米茄-3脂肪酸的代谢途径是一样的，前者如果吃得太多的话就会影响到后者的消化吸收，从而把后者的健康好处掩盖住。
据统计，在过去的半个世纪里，随着饮食结构的变化，人类食物当中的奥米茄-6脂肪酸和奥米茄-3脂肪酸的比例已经从2比1 增加到了10-15比1。我们的身体内充斥着过量的奥米茄-6脂肪酸，已经腾不出手来消化奥米茄-3脂肪酸了。因此后者的很多健康功效也就无从谈起了。
综上所述，如果你愿意花大价钱买高质量鱼油，并能控制自己吃肉的欲望的话，吃鱼油比较好。但对于大多数人来讲，吃鱼肉可能更靠谱一些。