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首先，自来水中含有多种矿物质，会对加湿器的蒸发器造成损害，其中所含的水碱也会影响其使用寿命。
另外，自来水中含一定量的氯原子和微生物，有可能随水雾吹入空气中造成污染。有些小区的自来水硬度较高，加湿器喷出的水雾中因含有钙镁离子，会产生白色粉末，不仅污染室内空气，还会损坏家具、地板表面的油漆，影响光泽度，造成永久损伤。显示加自来水有很多危害，所以买了加湿器的朋友千万要记住，不要直接加自来水。
还有些家庭会在水中加入芳香剂，这种做法也是不妥的。因为芳香剂中所含的挥发性有机化合物成分容易引发呼吸道疾病，特别是对有呼吸道过敏史的人刺激更大，加可以适当的加几滴精油。
注入加湿器中的水最好是蒸馏水或凉白开水，因为经过处理后，水中所含杂质较少，人不会因为吸入杂质而引起呼吸道不适。