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另外，研究人员还从酱油中发现过致癌物质。台湾的流行病学专家调查发现，酱油的消耗量与肝癌直接相关。这是因为酱油在发酵的过程中，蛋白质腐败分解，产生大量的胺类物质，在亚硝酸存在的情况下，会合成致癌性的亚硝胺。
而一些生产工艺差的厂家所生产的酱油极易受到霉菌的污染。因此，从预防疾病的角度来说，除了购买质量信得过的瓶装酱油、不买散装酱油外，还应注意吃酱油尽量熟吃，不生吃。