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首先对于根腐病防治预防也很重要，选择优质植物品种，对于种子播种前，可用0.3 %的退菌特或0.1%的粉锈宁拌种；用甲霜恶霉灵、多菌灵等进行土壤消毒。可以有效杀灭种子与土壤里的真菌。
由于根腐病所致病的病原不一样，因此采用的药剂也不能相同，防治的方法也不尽相同。 如草莓根腐病就有疫霉和丝核菌两种病原引起的原因，疫霉病原引起主根中心柱呈红褐色，还称草莓红中柱根腐病。不少人都用防治普通根腐病的药剂防治疫霉病原引起的根腐病，就没什么多大效果。
草莓红中柱根腐病是由草莓疫霉病原引起的，就要用杀毒矾、甲霜灵锰锌或霜脲锰锌、普力克等水溶液参照使用说明配比进行灌根防治。 如果是由丝核菌引起的草莓根腐病，则可以恶霉灵或立枯灵水溶液，和井冈霉素水溶液或枯草芽孢杆菌等水溶液，按比混配进行灌根防治。
如果是大葱发生了根腐病，可用康地雷得适量冲施，利用其以菌抑菌的作用原理，预防根腐病发生恶化。
一般药剂冲施方法是每周淋灌1次即可，连续淋灌两三次，就可以控制植株发病或发展，逐渐恢复植株正常的生长。