-
对鱼类有过敏史或过度反应的人要避免使用鱼油和任何来自鱼类的omega-3必需脂肪酸制品，改以其他方式补充摄取。有医学报告指出，在极罕见的情况下，皮肤出疹、荨麻疹和呼吸道症状是鱼油补充品的副作用。因此若有上述症状时，很可能代表你有过敏的现象。
过去，多数人在服用鱼油后，会觉得肠胃不适。这是因为「鱼油」的制作方式不够妥善，也与鱼类所处的环境有关。现今，由于鱼类加工技术改变与EPA和DHA的浓度增高，所以大多数的肠胃副作用已明显地减少。而这些症状通常也会自癒，但如果腹泻的情况一直持续，那么只要减少鱼油摄取量，通常就可以减轻这个症状。
而有些人会抱怨摄取鱼油后，会有胃酸逆流、胃灼热、消化不良和偶尔打嗝的现象。其中腹胀和腹痛的症状是很罕见的，如果这样的情形发生，这可能表示鱼油已经变质，应该丢弃了。