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重金属污染由鱼类生长的水质决定，而生物毒素由水体中的一些藻类和真菌产生。它们由鱼的来源决定，后续加工处理的影响不大，生吃熟吃也就没有多大差别。所以，避免这两方面的风险，只能通过鱼的正规来源来保证。
三文鱼可能感染的寄生虫有多种，最常见的是异尖线虫。如果一次吃下去的量比较大，会产生急性食物中毒;即使吃得少，也可能导致人体今后对线虫过敏。