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安宫牛黄丸用于高热烦躁，热闭神昏，若见面青身冷,寒痰壅塞，寒闭神昏者不得应用。治疗中如出现四肢厥逆，冷汗不止,脉微欲绝，即亡阳厥脱证时,当立即停药，改用四逆汤、参附汤，以回阳救逆，益气固脱。安宫牛黄丸含犀角，忌与含川乌、草乌的中药合用。安宫牛黄丸含麝香，孕妇忌用。服药期间忌食辛辣厚味，以免助火生痰。
因安宫牛黄丸中含有雄黄，与亚硝盐类、亚铁盐类同服可生成硫代砷酸盐，可使疗效下降。同理，与硝酸盐、硫酸盐类同服，可使雄黄所含的硫化砷氧化，增加毒性。因此，也不宜与硝酸盐、硫酸盐类同服。